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理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター RIKEN Center for Life Science Technologies

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イベント

 

[11月19日] 公開シンポジウム 遺伝子発現解析から転写産物解析へ ~CAGE法を用いた、新たなトランスクリプトーム解析事例と実際〜

[日時] 

2014年11月19日(水)

[時間] 

13:00--17:30

[場所] 

理化学研究所 横浜キャンパス 交流棟ホール

[概要] 

日本語では遺伝子発現解析(Gene Expression Analysis)、英語ではTranscritpome Analysis(網羅的転写産物解析)。日本語は、遺伝子発現と転写産物の区別を曖昧にして同じように扱ってきました。理想的な網羅的転写産物解析とは、細胞に含まれる転写産物すべての全長配列読みとその数を計測することです。残念ながら、これまでの技術ではこれは実現不可能です。しかし、それに代ってENCODE (Encyclopedia of DNA Elements)とFANTOM5 (Functional Annotation of the Mammalian genome)で採用され成果を挙げた方法が、網羅的転写開始点解析(Cap Analysis of Gene Expression, CAGE)法です。CAGE法は、転写産物の全長配列を調べることは出来ませんが、転写開始点を1塩基の分解能で定量的に計測できます。本手法を用いることで、FANTOM5ではヒトゲノム上に18.5万ヶ所のプロモータと、4.3万ヶ所のエンハンサを同定しました。これらの成果から、1つの遺伝子は、平均6つのスプライシング多型を持っていること、1つの遺伝子は平均4.3種類の第1エキソンを持っていること、それらの多型や第1エキソンは組織、細胞特異的に発現していることが分かってきました。今や伝統的な「遺伝子発現解析」から決別して、網羅的転写産物解析へと目を向ける時代がやって来たのです。

本シンポジウムでは、CAGE法を用いた研究事例(大規模プロジェクトのものから、少数サンプルの解析による対象を絞った研究まで)を中心に、CAGE法の原理、CAGEライブラリ作製とデータ解析方法について紹介します。

[プログラム(予定)] 

13:00-13:05 オープニング
ピエロ カルニンチ(理研ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門 部門長)

 

第1部 転写産物解析最前線
13:05-13:30 「研究の最新動向とFANTOM プロジェクト」 
ピエロ カルニンチ(理研ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門 部門長)
13:30-13:50 「解析技術と手法の比較」
川路英哉(理研 社会知創成事業 予防医療・診断技術開発プログラム / 情報基盤センター 予防医療・ゲノミクス応用開発ユニット)  
13:50-14:00 質疑応答
14:00-14:15 休憩

 

第2部 CAGE法を用いた解析事例
14:15-14:35 「肝臓がんで発現上昇するnon-coding RNA」
橋本 浩介(理研ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門)
14:35-14:55 「子宮頸癌の進展に関わるトランスクリプトーム解析」
田口 歩 / 長阪 一憲 (東京大学医学部産婦人科学教室)
14:55-15:15 「5'UTRを介した植物翻訳制御機構の解明」
山﨑 将太朗(奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科)
15:15-15:35 「CAGE解析を用いて植物におけるストレス環境下での翻訳制御メカニズムに迫る」
松浦 秀幸(大阪大学大学院薬学研究科)
15:35-15:55 「緑内障の病態解明と創薬のための網羅的遺伝子解析」
安田 正幸(東北大学医学部医学系研究科 眼科学分野)
15:55-16:15 休憩


   

第3部 CAGE解析の実際
16:15-16:25 「実験を始める前に」 
伊藤 昌可 (理化学研究所 社会知創成事業 予防医療・診断技術開発プログラム)
16:25-16:45 「CAGEライブラリ作製のポイント」
村田 光義 (理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門)
16:45-17:05 「基本的なデータ処理」
田上 道平 (理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門)
17:05-17:25 「データ解釈のための一歩進んだ解析」
粕川 雄也 (理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門)

 

17:25-17:30 クロージング
近藤 直人 (理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門 ゲノムネットワーク解析支援施設 施設長)

シンポジウム後、理研内にて懇親会を計画しています。多くの方のご参加をお待ちいたしております。

[言語] 

言語は主として日本語です。

[参加申し込み] 

シンポジウムの参加費は無料です。
懇親会は自費となりますのでご了承ください。2000円くらいを想定しています。

締切: 11月10日までにご登録ください。
直接会場にいらしていただくことも可能ですが、人数を把握したいためできるだけ期日までにご登録をお願いいたします。

[アクセス] 

理化学研究所 横浜キャンパスへのアクセスはこちらをご覧ください。

[主催] 

独立行政法人 理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門

[問い合わせ先] 

独立行政法人 理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 機能性ゲノム解析部門  
シンポジウム担当 
〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22
Tel:045-503-9237